Organele de conducere ale Federatiei SANITAS din Romania sunt:

     - Congresul, care se intruneste o data la 4 ani sau in sesiune extraordinara, la convocarea Consiliului National.
     - Conferinta, care se intruneste in sesiune ordinara, la 2 ani dupa Congres si in sesiune extraordinara, la convocarea Consiliului National.
     - Consiliul National, care se intruneste de regula lunar; este organul de conducere a Federatiei pe perioada dintre Congrese si este constituit din toti liderii si/sau reprezentantii mandatati ai organizatiilor membre si membrii Biroului Executiv al Federatiei SANITAS.
     - Biroul Executiv, constituit din membrii Biroului Operativ alesi de Congres si 8 lideri ai organizatiilor membre, cate unul pentru fiecare regiune de dezvoltare economica, alesi de Consiliul National pe o perioada de 2 ani.
     - Biroul Operativ, format din Presedinte, Prim-vicepresedinte, 4 Vicepresedinti si Secretar General, este ales de Congres pe o perioada de 4 ani.

•  Structura executiva este compusa din departamente si compartimente care acopera toata gama de activitati specifice: profesional, organizatoric, educational, financiar-contabil, tineret, relatii internationale, juridic, social si egalitatea sanselor, resurse umane, presa-imagine.

•  Activitatea financiara si economica este verificata periodic de Comisia de Cenzori.